確認通知書と違う床面積？

念願がかない木造住宅を新築することができました。
近くの土地家屋調査士に建物の登記をお願いしたところ、その床面積が確認通知書と違っていました。
大工さんには設計図通り造っていただいたのですが、公的金融機関から融資を受けているので大変心配です。
建物の登記は不動産登記法に基づき、床面積の計算を行います。
すなわち、「建物の床面積は、各階ごとの壁その他の区画の中心線で囲まれた部分の水平投影面積により、 平方メートルを単位として定め（中略）木造の場合は柱の中心線で囲まれた部分の水平投影により算出する」となります。

建築基準法は構造上の観点から規定されていますので、吹き抜けやポーチの床面積の算定基準に登記法と相違があり、 お尋ねのように登記された床面積と確認通知書の床面積の違いは珍しくありません。
設計図通り施行されておられるようですので金融機関から融資は受けられると思います。