現地と公図に著しい違い？

私の所有地には父の代からコンクリートのしっかりした杭が入っていますが、 法務局の公図の地形と著しく違うところが何カ所かあります。このままにしておいてよいのでしょうか。
現在、法務局で閲覧できる地図には、明治時代に作られ、一般に「字絵図」 と呼ばれているものと、国土調査、土地区画整理事業、土地改良事業などによって最近作成された地図とがあります。

前者の字絵図は 精度も悪く、これのみにによる境界の判断には適さないものであり、後者の地図はその事業が行われた時期にもよりますが、 比較的精度も高く、境界を判断する際、重要な資料となるものです。
なかでも不動産登記法第１4条地図は現地を正確に反映した 地図といえます。従って、ご質問の地図がどのような地図かによって、考え方も異なってきます。
しかし、このまま放置して、 後日に紛争を招いてもいけません。
いずれの地図にせよ、できる限り現地の状況を正確に表示するのが望ましいのですから、 現地との相違の原因をよく調べ、その原因が隣同士の土地の一部交換により発生するなどの人為的なものであれば、分筆登記を経て、 交換による所有権移転登記をすることになります。

また、そもそも地図の作成に誤りがあった場合には、法務局に対し、 地図訂正の申し出をすることができます。
いずれも詳しくは最寄りの土地家屋調査士にご相談下さい。